Los conflictos relacionados a la Empresa de los Ferrocarriles del Estado (EFE) y la paralización de la licitación del puerto de Talcahuano, que terminó con la renuncia del directorio de esa compañía, fueron las polémicas más destacadas que motivaron severas críticas a la gestión de Patricio Rojas al mando del SEP.
Con relación a EFE cabe recordar la disputa que mantuvo con el ex presidente de la estatal Vicente Domínguez y el ex fiscal de la firma, Rodrigo Asenjo, con quienes discrepó de la legalidad de dietas paralelas de los directores del tren fiscal que estaban en mesas directivas de filiales. Mientras Rojas sostenía que éstas eran legales, incluso pidió un informe en derecho para respaldar esto. Asenjo propuso congelar estos sueldos hasta que no hubiese un pronunciamiento oficial de la Contraloría General de la República.
Por otra parte, a fines de agosto pasado, el consejo en pleno del Sistema de Empresas Públicas acordó respaldar los procedimientos utilizados por el organismo, ejecutados por su presidente Patricio Rojas, para frenar la licitación de un frente de atraque en Puerto Talcahuano, tras presiones políticas y de trabajadores de la zona.
La paralización de esa concesión había desembocado en la renuncia del titular del terminal, Claudio Agostini, y de los directores María Ester Feres y Andrés González.
Hace unos días, la agitación en los puertos también llegó a las puertas del SEP, ya que trabajadores del terminal de San Antonio pedían nuevas inversiones en un espigón público.